Desa Aunupe adalah pemekaran dari Desa Aoma yang resmi dimekarkan pada tanggal 21 April 2003 dan definitif pada tanggal 31 Agustus 2009. Nama Aunupe sendiri diambil dari nama sungai yang melintas dalam desa. Pada awalnya warga Desa Aunupe adalah warga eks transmigrasi dari Maluku pada tahun 1997 yang berjumlah 15 KK dan penduduk pribumi sebanyak 10 KK yang merupakan bagian dari Desa Aoma (Dusun IV Bambu Raya).
Desa Aunupe terletak ± 30 km dari Ibukota Kabupaten Konawe Selatan dan ± 6 km dari Ibukota Kecamatan Wolasi. Desa Aunupe memiliki luas wilayah 5,87 kmdan terdiri atas 3 dusun.
Batas-batas Desa Aunupe :
Sebelah utara berbatasan dengan Desa Wolasi
Sebelah selatan berbatasan dengan Desa Amoito Jaya
Sebelah timur berbatasan dengan Desa Sawa, Kec. Moramo
Sebelah barat berbatasan dengan Desa Ambesinauwi dan Desa Ranowila
Kondisi iklim terdiri atas musim kemarau, musim hujan dan pancaraoba. Musim kemarau biasanya antara bulan Juli – November, musim hujan antara bulan Januari – April, sedang pancaroba terjadi antara bulan Mei – Juni.
Penduduknya berjumlah 407 jiwa, laki-laki berjumlah 210 jiwa dan perempuan berjumlah 197 jiwa. Terdiri dari 116 KK. Seluruh warga Desa Aunupe beragama Islam. Mata pencaharian penduduknya adalah petani (mayoritas), buruh tani, pedagang, tukang kayu, tukang batu dan perangkat desa.
Penggunaan lahan Desa Aunupe meliputi lahan perkebunan 155 Ha, persawahan 50 Ha, pemukiman 2.5 Ha dan pekarangan 5 Ha. Komoditi perkebunanannya berupa jeruk, kakao dan merica. Komoditi pertaniannya adalah padi sawah dan padi ladang. Sedang disektor kehutanan umumnya masyarakat menanam jati.